Odborné publikace
Publikace v odborných časopisech
2026
- Angulo Salas, L. N., Kaiser, F., Harrandt, V. , Mehta, K., Garcia-Zintzun, A. I., Havlica, J. , Opitz, J. a Wolf-Brandstetter, C. Characterization of cell adhesion phenomena at the dental abutment/soft tissue interface by means of a dynamic cell culture model. Biomaterials Advances . 2026, 183, článek 214765. DOI: 10.1016/j.bioadv.2026.214765 .
- Babor, M. , Spingler, B., Šimek, J. , Čejka, J., Hlaváček, I. a Zmeškalová, E. Epimer-Dependent Solid-State Landscapes of Trospium and Exotrospium Halide Salts. Crystal Growth & Design . 2026, 26(17), 6813–6821. DOI: 10.1021/acs.cgd.6c00284 .
- Bazaikin, Y., Paříková, A. , Kramoliš, D. , Soukup, K., Štofik, M., Zedníková, M. a Havlica, J. Phase-field interpretation of mercury porosimetry hysteresis: Capillary constrictions and connectivity-controlled trapping. Microporous and Mesoporous Materials . 2026, 416, článek 114373. DOI: 10.1016/j.micromeso.2026.114373 .
- Braun, F., Paříková, A. , Rother, S., Kantor, M., Ilyas, S. M., Bernhardt, R., Yomi, P. N., Havlica, J. , Appali, R., Kruppke, B. a Lee, P. S. Sustainable Fabrication of Tailored Bone Substitutes: From High-Throughput Scaffold Manufacturing, Scaled-Up HMSC Expansion to Dynamic Cultivation in a Perfusion Bioreactor. Advanced Science . 2026, 13(56), článek e23846. DOI: 10.1002/advs.202523846 .
- Dušková, T. , Němečková, Z., Ederer, J., Ryšánek, P., Šťastný, M. a Henych, J. Operando DRIFTS and NMR Spectroscopy Study of Hydrolytic and Photoinduced Transformations of Dimethyl Succinate on TiO 2 and CeO 2 . ACS ES&T Engineering . 2026, 6(4), 1382–1394. DOI: 10.1021/acsestengg.6c00166.
- El Hassan, M., Havlica, J. , Blel, W., Bukharin, N. a Sobolík, V. A fast data-reduction method for circular-sector electrodiffusion probes for wall-shear-rate measurement. Results in Engineering . 2026, 32, článek 112524 (zveřejněno online 18. 8. 2026). DOI: 10.1016/j.rineng.2026.112524 .
- Gholami, Z. , Gholami, F., Šimek, J. , Svobodová, K. a Vakili, M. Hydrogen production for a decarbonized future: a review of production technologies. Journal of Industrial and Engineering Chemistry . 2026, 153, 240–278. DOI: 10.1016/j.jiec.2025.07.047 .
- Greguš, V. , Kaule, P. , Čejka, J. a Šícha, V. Controlled N-Substitution of a B(8)-Ammonium Cobalt Bis-Dicarbollide. Inorganic Chemistry . 2026, 65(17), 9502–9513. DOI: 10.1021/acs.inorgchem.6c00794 .
- Harrandt, V. , Bazaikin, Y., Huchet, F., Tihon, J. a Havlica, J. Analytical solution for the laminar wake behind a finite heat/mass sink. Journal of Fluid Mechanics . 2026, 1027, článek A20. DOI: 10.1017/jfm.2025.11081 .
- Harrandt, V. , Bazaikin, Y., Huchet, F., Tihon, J. a Havlica, J. Scalar transfer to arbitrary finite arrays of reactive wall segments in linear shear flow: A recursive Abel-integral formulation. International Communications in Heat and Mass Transfer . 2026, 179 (část 1), článek 112083. DOI: 10.1016/j.icheatmasstransfer.2026.112083 .
- Kokavcová, A. , Kramoliš, D. , Škvorová, M. , Bazaikin, Y. a Havlica, J. Effect of particle stiffness and impeller speed on heat transfer in stirred granular beds. Powder Technology . 2026, 479, článek 122544. DOI: 10.1016/j.powtec.2026.122544 .
- Kovářík, T., Hájek, J., Deshmukh, K., Dvořáková, J., Babuška, V., Hauer, L., Svoboda, M., Beneš, J., Jansa, Z., Jandová, V., Strejcová, K. a Tišler, Z. Multiscale porous geopolymer-hydroxyapatite composite scaffolds fabricated via hollow-core bead assembly for bone tissue engineering. Results in Engineering . 2026, 30, článek 110764. DOI: 10.1016/j.rineng.2026.110764 .
- Krýza, O., Brož, P., Pěnkavová, V., Havlica, J. , Zedníková, M., Emerland, Z., Patel, M. a Sylvest, M. Effect of Unstable Water Flow on Grain Transport: Insights From Laboratory Experiments Under Reduced Atmospheric Pressure. Journal of Geophysical Research: Planets . 2026, 131(6), článek e2025JE009554. DOI: 10.1029/2025JE009554 .
- Kwoczynski, Z. , Burdová, H., Polanská Nebeská, D., Al Souki, K. S., Klemencová, K., Grycová, B. a Leštinský, P. Two-season effects of grape pomace biochar on soil properties, nutrient availability, plant growth and soil microbial communities. Biomass and Bioenergy . 2026, 212, článek 109209. DOI: 10.1016/j.biombioe.2026.109209 .
- Mašková, L., Trávníčková, T., Lee, T., Schwarz, J., Ondráček, J., Paříková, A. , Havlica, J. , Steiner, S., Białek, J., Lucci, F., Kuczaj, A. K. a Ždímal, V. Determination of hygroscopic growth of aerosol particles under physiologically relevant conditions. Results in Engineering . 2026, 30, článek 110167. DOI: 10.1016/j.rineng.2026.110167 .
- Moghaddam, M. A., Frątczak, J., Tišler, Z. , de Paz Carmona, H. a Hidalgo Herrador, J. M. Dehydrogenation of diethylbenzene and ethylbenzene on Fe (with or without K)/Al 2 O 3 catalysts. Reaction Kinetics, Mechanisms and Catalysis . 2026, 139, 99–116. DOI: 10.1007/s11144-025-03009-5 .
- Newton, R. A., Al Souki, K. S., Kwoczynski, Z. , Popelka, J. a Pidlisnyuk, V. Differential effects of sewage sludge and food waste biochars on Miscanthus × giganteus phytostabilization on acidic brownfield soil. Environmental Research Communications . 2026, 8, článek 045046. DOI: 10.1088/2515-7620/ae6237 .
- Nguyen Thi, T. H. , Koutecká, J., Kaule, P. a Vrtoch, Ľ. Novel Sulfonic Acid-Functionalized Ionic Liquids: Synthesis and Catalytic Performance in Biodiesel Production via Quantitative 1 H-NMR Analysis. Catalysis Letters . 2026, 156, článek 122. DOI: 10.1007/s10562-026-05340-5 .
- Pěnkavová, V., Trávníčková, T., Lyko Vachková, E., Vondráček, F. , Lambalot, C. a Havlica, J. Controlling segregation in binary granular mixtures through impeller orientation and operating parameters in Freeman FT4 Powder Rheometer. Powder Technology . 2026, 479, článek 122552. DOI: 10.1016/j.powtec.2026.122552 .
- Polanská Nebeská, D., Burdová, H., Marková, K., Holík, L., Vranová, V., Kwoczynski, Z. , Trubač, J., Kříženecká, S., Ševců, A. a Trögl, J. Delayed recovery of nitrogen-related soil indicators during two-year phytomanagement of diesel-contaminated soil with Miscanthus × giganteus . International Biodeterioration & Biodegradation . 2026, 215, článek 106439. DOI: 10.1016/j.ibiod.2026.106439 .
- Štěpanovská, E., Novák, J., Malinský, P., Miksová, R., Ceccio, G., Kormunda, M., Vrtoch, Ľ. a Macková, A. Tailoring electrochemical properties of polymers via multi-energy ion implantation. Materials Chemistry and Physics . 2026, 366, článek 132951. DOI: 10.1016/j.matchemphys.2026.132951 .
- Trávníčková, T., Mašková, L., Havlica, J. , Stanovský, P., Goedertier, D., Lucci, F., Kuczaj, A. K. a Ždímal, V. Glycerol and propylene glycol nucleation in a laminar flow diffusion chamber. The Journal of Chemical Physics . 2026, 164(10), článek 104308. DOI: 10.1063/5.0317356 .
- Vondráček, F. , Trávníčková, T., Kramoliš, D. , Pěnkavová, V., Semančík, M. a Havlica, J. Mechanism of friction-controlled size segregation in a vertical bladed mixer: The role of secondary flow. Powder Technology . 2026, 484, článek 122923. DOI: 10.1016/j.powtec.2026.122923 .
2025
- Burdová, H., Polanská Nebeská, D., Marková, K., Říha, J., Trubač, J., Kříženecká, S., Kwoczynski, Z., Baka, M., Ševců, A. a Trögl, J. Rhizodegradation of diesel and PAH contaminated soils with Miscanthus × giganteus: Soil, plants, microbes and pollutants interactions after two seasons. Journal of Environmental Management. 2025, 381, článek 125208. DOI: 10.1016/j.jenvman.2025.125208.
- Burdová, H., Polanská Nebeská, D., Kwoczynski, Z., Žižková, L., Neubertová, V., Snow, J., Pilnaj, D., Baka, M. a Al Souki, K. S. A comprehensive evaluation of the environmental and health risks associated with the potential utilization of chars produced from tires, electro-waste plastics and biomass. Environmental Research. 2025, 264 (část 2), článek 120390. DOI: 10.1016/j.envres.2024.120390.
- Dugarte-Dugarte, A. J., van de Streek, J., Díaz de Delgado, G., Reid, J. W., Jurásek, B., Kuchař, M., Babor, M. a Delgado, J. M. The crystal structures of methoxmetamine hydrochloride and methoxetamine hydrochloride determined from laboratory X-ray powder diffraction data contained in the Powder Diffraction File™. Powder Diffraction. 2025, 40(4), 257–268. DOI: 10.1017/S0885715625100948.
- Dušková, T., Čermák, J., Cantore, M., Greguš, V., Sydow, J., Henych, J. a Ferenz, K. B. Harnessing Perfluorocarbon-Based Nanocarriers for Rhodium(III) NHC Complex Delivery: Synthesis, Characterization, and Cytotoxicity Evaluation. Inorganica Chimica Acta. 2025, 576, článek 122471. DOI: 10.1016/j.ica.2024.122471.
- Ederer, J., Vrtoch, Ľ., Ryšánek, P., Bárta, M., Neubertová, V. a Kolská, Z. Physicochemical aspects of adsorption efficiency of nanocrystalline ceria toward antibiotics, herbicides, and inorganic phosphates. RSC Advances. 2025, 15, 38391–38405. DOI: 10.1039/D5RA05301C.
- Gholami, Z., Gholami, F., Šimek, J. a Vakili, M. Advancing hydrogen infrastructure: a review of storage and transportation solutions for a sustainable future. Reviews in Chemical Engineering. 2025, 41(8), 711–739. DOI: 10.1515/revce-2025-0024.
- Gorlova, O., Pálková, S., Kocík, J., Tišler, Z., Čmelík, J., Vyskočilová, E. a Paterová, I. (Sn, Fe)/Mg/Zn/Al hydrotalcites as efficient catalysts for Baeyer–Villiger oxidation of aldehydes with cyclic structures: Role of composition and surface properties. Applied Catalysis A: General. 2025, 704, článek 120413. DOI: 10.1016/j.apcata.2025.120413.
- Harrandt, V., Bazaykin, Y., Huchet, F., Tihon, J. a Havlica, J. Generalized theory for wall shear stress measurement using circular-segment electrodiffusion probes. International Communications in Heat and Mass Transfer. 2025, 167 (část B), článek 109322. DOI: 10.1016/j.icheatmasstransfer.2025.109322.
- Kocík, J., Tišler, Z., Hájek, M. a Kocián, D. The influence of titanium on the formation of bio-epoxides from ester synthesized from waste vegetable oil. Clean Technologies and Environmental Policy. 2025, 27, 8349–8361. DOI: 10.1007/s10098-025-03298-3.
- Kozakovič, M., Kramoliš, D., Zedníková, M., Pařez, S. a Havlica, J. Dynamic regimes in granular mixing: Effect of sliding friction and stirrer rotational frequency. Powder Technology. 2025, 465, článek 121302. DOI: 10.1016/j.powtec.2025.121302.
- Kwoczynski, Z., Burdová, H., Al Souki, K. S. a Čmelík, J. Wheat dust and extracted rapeseed scrap biochar: a comprehensive characterization and assessment of potential utilization in the context of the circular economy. Biomass Conversion and Biorefinery. 2025, 15, 28531–28543. DOI: 10.1007/s13399-025-06524-6.
- Neubertová, V., Jarolímková, J., Daniš, S., Vrtoch, Ľ. a Kolská, Z. Comparison of Amorphous and Crystalline Ni-MOFs for Environmental Applications. ChemistryOpen. 2025, 14(12), e202500373. DOI: 10.1002/open.202500373.
- Poustka, D., Havlica, J., Kramoliš, D., Paříková, A., Galindo-Rosales, F. J., Štofik, M. a Malý, J. Flow-induced particle migration microfluidics—the experimenter’s comprehensive review. Progress in Biomedical Engineering. 2025, 7(3), článek 032005. DOI: 10.1088/2516-1091/add77b.
- Škvára, J. a Nezbeda, I. Toward an accurate equation of state for hard polyhedron fluids. The Journal of Chemical Physics. 2025, 163(1), článek 014504. DOI: 10.1063/5.0264106.
- Škvára, J. a Nezbeda, I. Structure of liquids from reference hard body fluids: Additive vs non-additive hard body models. The Journal of Chemical Physics. 2025, 162(16), článek 164505. DOI: 10.1063/5.0253528.
- Stanovský, P., Morávková, L., Škvorová, M., Hrdlička, Z., Dytrych, P., Izák, P., Esposito, E., Jansen, J. C. a Petrusová, Z. Evaluating permeability of VOC and greenhouse gases in dense membranes: Insights from solubility parameters and basic molecular characteristics. Separation and Purification Technology. 2025, 366, článek 132697. DOI: 10.1016/j.seppur.2025.132697.
- Valencia-Galindo, M., Sáez, E., Kozakovič, M., Havlica, J., Kramoliš, D. a Chávez-Crooker, P. Analysis of the breakage of the bio-cementation generated on glass beads during a direct shear test using a DEM model. Computational Particle Mechanics. 2025, 12(1), 351–370. DOI: 10.1007/s40571-024-00803-1.
- Zedníková, M., Semlerová, T., Orvalho, S., Havlica, J. a Tihon, J. Surfactant effect on bubble deformation and breakup after interaction with vortex structure. Chemical Engineering Science. 2025, 305, článek 121144. DOI: 10.1016/j.ces.2024.121144.
- Zmeškalová, E., Havlůjová, T., Babor, M., Tkadlecová, M., Havlíček, J., Pekárek, T., Tomczak, S., Ridvan, L. a Šoóš, M. Unravelling venetoclax solvate behaviour: insights from crystal structures and computational surface analysis. IUCrJ. 2025, 12(5), 595–609. DOI: 10.1107/S2052252525006785.
2024
- Baka, M., Edr, A., Krupková, A., Červenková Šťastná, L., Bernášková, J., Greguš, V., Čermák, J. a Strašák, T. Modular synthesis of dendritic ionic triphiles and their behavior in three-phase liquid–liquid–liquid system. Journal of Molecular Liquids. 2024, 404, článek 124920. DOI: 10.1016/j.molliq.2024.124920.
- Ederer, J., Janoš, P., Vrtoch, Ľ., Šťastný, M., Henych, J., Matoušek, J., Kormunda, M. a Ryšánek, P. Effect of Surface Treatment of Nanocrystalline CeO2 on Its Dephosphorylation Activity and Adsorption of Inorganic Phosphates. Langmuir. 2024, 40(1), 302–316. DOI: 10.1021/acs.langmuir.3c02576.
- Ederer, J., Ryšánek, P., Vrtoch, Ľ., Neubertová, V., Henych, J., Životský, O., Janoš, P., Adamec, S. a Kolská, Z. Magnetite/ceria-based composites for effective adsorption of pharmaceuticals and pesticides in water. Journal of Water Process Engineering. 2024, 63, článek 105446. DOI: 10.1016/j.jwpe.2024.105446.
- Harrandt, V., Bazaykin, Y., Huchet, F., Tihon, J. a Havlica, J. Theory for electrodiffusional wall shear stress measurement by directionally sensitive twin semicircular probe. International Journal of Heat and Mass Transfer. 2024, 235, článek 126191. DOI: 10.1016/j.ijheatmasstransfer.2024.126191.
- Henych, J., Šťastný, M., Kříženecká, S., Čundrle, J., Tolasz, J., Dušková, T., Kormunda, M., Ederer, J., Stehlík, Š., Ryšánek, P., Neubertová, V. a Janoš, P. Ceria-Catalyzed Hydrolytic Cleavage of Sulfonamides. Inorganic Chemistry. 2024, 63(4), 2298–2309. DOI: 10.1021/acs.inorgchem.3c04367.
- Hoskovec, J., Čapková, P., Ryšánek, P., Gardenö, D., Friess, K., Jarolímková, J., Greguš, V., Kaule, P., Dušková, T., Škvorová, M., Šícha, V. a Benada, O. A hydrogen adsorbing PUR/Pd nanocomposite nanofibrous membrane prepared by electrospinning technology. Journal of Materials Chemistry A. 2024, 12, 25202–25210. DOI: 10.1039/D4TA02340D.
- Kaule, P., Šícha, V., Macháček, J., Naumkina, Y. a Čejka, J. Halogenated Cobalt Bis-Dicarbollide Strong Acids as Reusable Homogeneous Catalysts for Fatty Acid Esterification with Methanol or Ethanol. International Journal of Molecular Sciences. 2024, 25(24), článek 13263. DOI: 10.3390/ijms252413263.
- Kocík, J., Tišler, Z., Hájek, M., Peroutková, K., Šimek, J., Strejcová, K. a Malina, J. Epoxidation of methyl esters from waste vegetable oil by heterogeneous catalysts WO3/Al2O3. Molecular Catalysis. 2024, 569, článek 114519. DOI: 10.1016/j.mcat.2024.114519.
- Nezbeda, I. a Škvára, J. A remark on hard body fluids: density versus packing fraction and excluded volume. Molecular Physics. 2024, 122(21–22), e2304648. DOI: 10.1080/00268976.2024.2304648.
- Panuška, P., Smejkal, J., Štofik, M., Žmudová, Z., Španbauerová, K., Havlica, J., Harrandt, V., Vinopal, S., Aubrecht, P. a Malý, J. Advanced Microfluidic Platform for Tumor Spheroid Formation and Cultivation Fabricated from OSTE+ Polymer. BioChip Journal. 2024, 18, 393–409. DOI: 10.1007/s13206-024-00167-x.
- Salkeyeva, L. K., Pevzner, L. M., Vojtíšek, P. a Minayeva, Y. V. On the Bromination of Diethyl 3,5-dimethyl-1H-pyrrole-2,4-dicarboxylate: the True Structure of the Halbig’s Product. Eurasian Journal of Chemistry. 2024, 29(1 [113]), 14–23. DOI: 10.31489/2959-0663/1-24-4.
2023
- Dušková, T., Prajapati, D. S., Kaule, P., Červenková Šťastná, L., Strašák, T. a Čermák, J. N-heterocyclic carbenes with three and six fluorous ponytails and their highly fluorophilic Rh and Ir complexes. Journal of Organometallic Chemistry. 2023, 986, 122605. DOI: 10.1016/j.jorganchem.2022.122605
- Harrandt, V., Kramoliš, D., Huchet, F., Tihon, J. a Havlica, J. The electrodiffusional theory for the wall shear stress measurement by two-strip probe. International Journal of Heat and Mass Transfer. 2023, 212, 124287. DOI: 10.1016/j.ijheatmasstransfer.2023.124287
- Hordiichuk, V., Škvára, J., Trokhymchuk, A. a Nezbeda, I. Structure and thermodynamics of a short-range Lennard-Jones fluid reference. Journal of Molecular Liquids. 2023, 386, 122483. DOI: 10.1016/j.molliq.2023.122483
- Chatzigeorgiou, S., Jílková, J., Korecká, L., Janyšková, R., Hermannová, M., Šimek, M., Čožíková, D., Slováková, M., Bílková, Z., Bobek, J., Černý, Z., Čihák, M. a Velebný, V. Preparation of hyaluronan oligosaccharides by a prokaryotic beta-glucuronidase: Characterization of free and immobilized forms of the enzyme. Carbohydrate Polymers. 2023, 317, 121078. DOI: 10.1016/j.carbpol.2023.121078
- Klajmon, M. a Nezbeda, I. Assessing the quality of SAFT equations for the vapor–liquid equilibrium of pure water. Journal of Molecular Liquids. 2023, 376, 121414. DOI: 10.1016/j.molliq.2023.121414
- Kozakovič, M., Havlica, J., Le Guen, L., Pařez, S. a Huchet, F. Recognition of the granular airborne portion in a flighted rotary drum. Powder Technology. 2023, 425, 118565. DOI: 10.1016/j.powtec.2023.118565
- Nguyen Thi, T. H., Koutecká, J., Kaule, P., Vrtoch, Ľ., Šícha, V. a Čermák, J. Design and Synthesis of New Sulfonic Acid Functionalized Ionic Liquids as Catalysts for Esterification of Fatty Acids with Bioethanol. Molecules. 2023, 28(13), 5231. DOI: 10.3390/molecules28135231
- Novotná Floriančičová, K., Baltzis, A., Smejkal, J., Czerneková, M., Kaczmarek, Ł., Malý, J., Notredame, C. a Vinopal, S. Phylogenetic and functional characterization of water bears (Tardigrada) tubulins. Scientific Reports. 2023, 13(1), 5194. DOI: 10.1038/s41598-023-31992-z
- Pařez, S., Kozakovič, M. a Havlica, J. Pore Pressure Drop During Dynamic Rupture and Conditions for Dilatancy Hardening. Journal of Geophysical Research: Solid Earth. 2023, 128(7), e2023JB026396. DOI: 10.1029/2023JB026396
- Pasichnyk, M., Stanovský, P., Polezhaev, P., Zach, B., Šyc, M., Bobák, M., Jansen, J. C., Přibyl, M., Bara, J. E., Friess, K., Havlica, J., Gin, D. L., Noble, R. D. a Izák, P. Membrane technology for challenging separations: Removal of CO2, SO2 and NOx from flue and waste gases. Separation and Purification Technology. 2023, 323, 124436. DOI: 10.1016/j.seppur.2023.124436
- Škvára, J., Nezbeda, I. a Urbic, T. Supercooled water in two dimensions: Structure and thermodynamics of the Mercedes-Benz model. Journal of Molecular Liquids. 2023, 386, 122445. DOI: 10.1016/j.molliq.2023.122445
2022
- Bobek, J., Filipová, E., Bergman, N., Čihák, M., Petříček, M., Lara, A. C., Krištůfek, V., Megyes, M., Wurzer, T., Chroňáková, A. a Petříčková, K. Polyenic Antibiotics and Other Antifungal Compounds Produced by Hemolytic Streptomyces Species. International Journal of Molecular Sciences. 2022, 23(23), 15045. DOI: 10.3390/ijms232315045.
- Hoskovec, J., Čapková, P., Vostiňáková, M., Ryšánek, P., Kaule, P., Tokarský, J., Benada, O. a Blechta, V. Permeable Membranes PUR/TETA and PUR/TEPA for CO2 Capture Prepared with One-Step Electrospinning Technology. Fibers. 2022, 10(11), 100. DOI: 10.3390/fib10110100.
- Krátký, M., Novotná, E., Stolaříková, J., Švarcová, M. a Vinšová, J. Substituted N-phenylitaconamides as inhibitors of mycobacteria and mycobacterial isocitrate lyase. European Journal of Pharmaceutical Sciences. 2022, 176, 106252. DOI: 10.1016/j.ejps.2022.106252.
- Nezbeda, I. On a molecular origin of properties of water. Journal of Molecular Liquids. 2022, 365, 120100. DOI: 10.1016/j.molliq.2022.120100.
- Nezbeda, I. On a flaw in the development of simple(primitive)-model-based equations of state for water. Chemical Physics Letters. 2022, 790, 139332. DOI: 10.1016/j.cplett.2021.139332.
- Nezbeda, I., Klajmon, M. a Hrubý, J. Thermodynamic properties of water from SAFT and CPA equations of state: A comprehensive assessment. Journal of Molecular Liquids. 2022, 362, 119769. DOI: 10.1016/j.molliq.2022.119769.
- Pflégr, V., Štěpánková, Š., Svrčková, K., Švarcová, M., Vinšová, J. a Krátký, M. 5-Aryl-1,3,4-oxadiazol-2-amines Decorated with Long Alkyl and Their Analogues: Synthesis, Acetyl- and Butyrylcholinesterase Inhibition and Docking Study. Pharmaceuticals. 2022, 15(4), 400. DOI: 10.3390/ph15040400.
- Škvára, J. a Nezbeda, I. Thermodynamics and structure of supercooled water. II. Journal of Molecular Liquids. 2022, 367 (část B), 120508. DOI: 10.1016/j.molliq.2022.120508.
- Šmídl, M., Špitálská, T. a Šícha, V. Vznik dendritických krystalů kovů ve vodných roztocích účinkem stejnosměrného elektrického proudu. Biologie, chemie, zeměpis. 2022, 31(1), 41–46. DOI: 10.14712/25337556.2022.1.3.
- Vaňková, E., Lokočová, K., Kašparová, P., Hadravová, R., Křížová, I., Maťátková, O., Masák, J. a Šícha, V. Cobalt Bis-Dicarbollide Enhances Antibiotics Action towards Staphylococcus epidermidis Planktonic Growth Due to Cell Envelopes Disruption. Pharmaceuticals. 2022, 15(5), 534. DOI: 10.3390/ph15050534.
2021
- Bobek, J., Mikulová, A., Šetinová, D., Elliot, M. a Čihák, M. 6S-Like scr3559 RNA Affects Development and Antibiotic Production in Streptomyces coelicolor. Microorganisms. 2021, 9(10), 2004. DOI: 10.3390/microorganisms9102004.
- Dědičová, Š., Dočkal, J., Moučka, F. a Jirsák, J. Molecular dynamics simulation study of the effect of a strong electric field on the structure of a poly(oxyethylene) chain in explicit solvents. Journal of Molecular Liquids. 2021, 338, 116622. DOI: 10.1016/j.molliq.2021.116622.
- Havlica, J., Kozakovič, M., Kramoliš, D., Trávníčková, T. a Kohout, M. The effect of primary and secondary flows on the homogenization process in a vertical bladed mixer. Powder Technology. 2021, 391, 253–266. DOI: 10.1016/j.powtec.2021.06.015.
- Havlica, J., Kramoliš, D. a Huchet, F. A revisit of the electro-diffusional theory for the wall shear stress measurement. International Journal of Heat and Mass Transfer. 2021, 165, 120610. DOI: 10.1016/j.ijheatmasstransfer.2020.120610.
- Jirsáková, K., Stanovský, P., Dytrych, P., Morávková, L., Přibylová, K., Petrusová, Z., Jansen, J. C. a Izák, P. Organic vapour permeation in amorphous and semi-crystalline rubbery membranes: Experimental data versus prediction by solubility parameters. Journal of Membrane Science. 2021, 627, 119211. DOI: 10.1016/j.memsci.2021.119211.
- Kalyuzhnyi, Y. V., Nezbeda, I. a Cummings, P. T. Integral equation theory for mixtures of spherical and patchy colloids. 2. Numerical results. Soft Matter. 2021, 17(12), 3513–3519. DOI: 10.1039/D0SM02284E.
- Krátký, M., Štěpánková, Š., Konečná, K., Svrčková, K., Maixnerová, J., Švarcová, M., Janďourek, O., Trejtnar, F. a Vinšová, J. Novel Aminoguanidine Hydrazone Analogues: From Potential Antimicrobial Agents to Potent Cholinesterase Inhibitors. Pharmaceuticals. 2021, 14(12), 1229. DOI: 10.3390/ph14121229.
- Krupková, A., Kubátová, K., Červenková Šťastná, L., Cuřínová, P., Müllerová, M., Karban, J., Čermák, J. a Strašák, T. Poly(imidazolium) Carbosilane Dendrimers: Synthesis, Catalytic Activity in Redox Esterification of α,β-Unsaturated Aldehydes and Recycling via Organic Solvent Nanofiltration. Catalysts. 2021, 11(11), 1317. DOI: 10.3390/catal11111317.
- Nejedlá, Z., Poustka, D., Herma, R., Liegertová, M., Štofik, M., Smejkal, J., Šícha, V., Kaule, P. a Malý, J. Class II biocompatible E-Shell 300 3D printing material causes severe developmental toxicity in Danio rerio embryos and reduced cell proliferation in vitro – implications for 3D printed microfluidics. RSC Advances. 2021, 11(27), 16252–16267. DOI: 10.1039/D1RA00305D.
- Nezbeda, I. Structure of Simple Dipolar Water-Like Fluids: Primitive Model and Hard Tetrahedra. Frontiers in Chemistry. 2021, 9, 783741. DOI: 10.3389/fchem.2021.783741.
- Nezbeda, I. a Škvára, J. On industrial applications of molecular simulations. Molecular Simulation. 2021, 47(10–11), 846–856. DOI: 10.1080/08927022.2020.1828584.
- Nezbeda, I. Thermodynamic perturbation theory and equation of state developments. Condensed Matter Physics. 2021, 24(3), 33501, 1–6. DOI: 10.5488/CMP.24.33501.
- Panuška, P., Nejedlá, Z., Smejkal, J., Aubrecht, P., Liegertová, M., Štofik, M., Havlica, J. a Malý, J. A millifluidic chip for cultivation of fish embryos and toxicity testing fabricated by 3D printing technology. RSC Advances. 2021, 11(33), 20507–20518. DOI: 10.1039/D1RA00846C.
- Trávníčková, T., Havlica, J., Kozakovič, M., Hrubý, J. a Ždímal, V. Derivation and validation of a simplified analytical mass transfer model of the laminar co-flow tube for nucleation studies. International Journal of Heat and Mass Transfer. 2021, 179, 121705. DOI: 10.1016/j.ijheatmasstransfer.2021.121705.
2020
- Červenková Šťastná, L., Bílková, V., Cézová, T., Cuřínová, P., Karban, J., Čermák, J., Krupková, A. a Strašák, T.. Imidazolium Based Fluorous N-Heterocyclic Carbenes as Effective and Recyclable Organocatalysts for Redox Esterification. European Journal of Organic Chemistry. 2020, (24), 3591–3598. DOI: 10.1002/ejoc.202000273.
- Gaálová, J., Yalcinkaya, F., Cuřínová, P., Kohout, M., Yalcinkaya, B., Koštejn, M., Jirsák, J., Stibor, I., Bara, J. E., Van der Bruggen, B. a Izák, P.. Separation of racemic compound by nanofibrous composite membranes with chiral selector. Journal of Membrane Science. 2020, 596, 117728. DOI: 10.1016/j.memsci.2019.117728.
- Goronzy, D. P., Staněk, J., Avery, E., Guo, H., Bastl, Z., Dušek, M., Gallup, N. M., Gün, S., Kučeráková, M., Levandowski, B. J., Macháček, J., Šícha, V., Thomas, J. C., Yavuz, A., Houk, K. N., Danışman, M. F., Mete, E., Alexandrova, A. N., Baše, T. a Weiss, P. S.. Influence of Terminal Carboxyl Groups on the Structure and Reactivity of Functionalized m-Carboranethiolate Self-Assembled Monolayers. Chemistry of Materials. 2020, 32(15), 6800–6809. DOI: 10.1021/acs.chemmater.0c02722.
- Herbrík, A., Corretto, E., Chroňáková, A., Langhansová, H., Petrásková, P., Hrdý, J., Čihák, M., Krištůfek, V., Bobek, J., Petříček, M. a Petříčková, K.. A Human Lung-Associated Streptomyces sp. TR1341 Produces Various Secondary Metabolites Responsible for Virulence, Cytotoxicity and Modulation of Immune Response. Frontiers in Microbiology. 2020, 10, 3028. DOI: 10.3389/fmicb.2019.03028.
- Hvozd, T., Kalyuzhnyi, Y. V. a Vlachy, V.. Aggregation, liquid–liquid phase separation, and percolation behaviour of a model antibody fluid constrained by hard-sphere obstacles. Soft Matter. 2020, 16(36), 8432–8443. DOI: 10.1039/D0SM01014F.
- Jirsák, J., Pokorný, P., Holec, P. a Dědičová, Š.. A Molecular-Level Picture of Electrospinning. Water. 2020, 12(9), 2577. DOI: 10.3390/w12092577.
- Kalyuzhnyi, Y. V., Nezbeda, I. a Cummings, P. T.. Integral equation theory for a mixture of spherical and patchy colloids: analytical description. Soft Matter. 2020, 16(14), 3456–3465. DOI: 10.1039/C9SM02309G.
- Krátký, M., Baranyai, Z., Štěpánková, Š., Svrčková, K., Švarcová, M., Stolaříková, J., Horváth, L., Bösze, S. a Vinšová, J.. N-Alkyl-2-[4-(trifluoromethyl)benzoyl]hydrazine-1-carboxamides and Their Analogues: Synthesis and Multitarget Biological Activity. Molecules. 2020, 25(10), 2268. DOI: 10.3390/molecules25102268.
- Krátký, M., Jaklová, K., Štěpánková, Š., Svrčková, K., Pflégr, V. a Vinšová, J.. N-[3,5-Bis(trifluoromethyl)phenyl]-5-bromo-2-hydroxybenzamide Analogues: Novel Acetyl- and Butyrylcholinesterase Inhibitors. Current Topics in Medicinal Chemistry. 2020, 20(23), 2094–2105. DOI: 10.2174/1568026620666200819154722.
- Krátký, M., Štěpánková, Š., Brablíková, M., Svrčková, K., Švarcová, M. a Vinšová, J.. Novel Iodinated Hydrazide-hydrazones and their Analogues as Acetyl- and Butyrylcholinesterase Inhibitors. Current Topics in Medicinal Chemistry. 2020, 20(23), 2106–2117. DOI: 10.2174/1568026620666200819155503.
- Nezbeda, I.. On Molecular-Based Equations of State: Perturbation Theories, Simple Models, and SAFT Modeling. Frontiers in Physics. 2020, 8, 287. DOI: 10.3389/fphy.2020.00287.
- Otmar, M., Gaálová, J., Žitka, J., Brožová, L., Cuřínová, P., Kohout, M., Hovorka, Š., Bara, J. E., Van der Bruggen, B., Jirsák, J. a Izák, P.. Preparation of PSEBS membranes bearing (S)-(−)-methylbenzylamine as chiral selector. European Polymer Journal. 2020, 122, 109381. DOI: 10.1016/j.eurpolymj.2019.109381.
- Škvára, J., Nezbeda, I. a Izák, P.. Molecular dynamics study of racemic mixtures. II. Temperature dependence of the separation of ibuprofen racemic mixture with β-cyclodextrin in methanol solvent. Journal of Molecular Liquids. 2020, 302, 112575. DOI: 10.1016/j.molliq.2020.112575.
2019
- Havlica, J., Jirounková, K., Trávníčková, T., Stanovský, P., Petrus, P. a Kohout, M. Granular dynamics in a vertical bladed mixer: Secondary flow patterns. Powder Technology. 2019, 344, 79–88. DOI: 10.1016/j.powtec.2018.11.094.
- Kalyuzhnyy, Y., Škvára, J. a Nezbeda, I. Analytic results for the three- and four-particle correlation functions of the fluid of hard disks. The Journal of Chemical Physics. 2019, 150(3), 034502. DOI: 10.1063/1.5083890.
- Nezbeda, I. Vapour–liquid equilibria from molecular simulations: some issues affecting reliability and reproducibility. Molecular Physics. 2019, 117(20), 2814–2821. DOI: 10.1080/00268976.2018.1562125.
- Nezbeda, I. a Moučka, F. Thermodynamics of supersaturated steam: Towards an equation of state. Fluid Phase Equilibria. 2019, 484, 114–121. DOI: 10.1016/j.fluid.2018.11.028.
- Rychtera, J., Šmídl, M. a Bílek, M. Jak eliminovat kritická místa počátečního chemického vzdělávání – příklady témat „Složení roztoků“ a „Názvosloví solí“. Arnica. 2019, 9(1), 31–38.
- Škvára, J. a Nezbeda, I. Surface of aqueous solutions of alkali halides: layer by layer analysis. Molecular Simulation. 2019, 45(4–5), 358–372. DOI: 10.1080/08927022.2018.1540871.
- Šmídová, K., Ziková, A., Pospíšil, J., Schwarz, M., Bobek, J. a Vohradský, J. DNA mapping and kinetic modeling of the HrdB regulon in Streptomyces coelicolor. Nucleic Acids Research. 2019, 47(2), 621–633. DOI: 10.1093/nar/gky1018.
- Vaňková, E., Lokočová, K., Maťátková, O., Křížová, I., Masák, J., Grüner, B., Kaule, P., Čermák, J. a Šícha, V. Cobalt bis-dicarbollide and its ammonium derivatives are effective antimicrobial and antibiofilm agents. Journal of Organometallic Chemistry. 2019, 899, 120891. DOI: 10.1016/j.jorganchem.2019.120891.
2018
- Barczi, T., Kohout, M., Kozakovič, M., Havlica, J. a Ratnayake, C. Discrete Element Method Simulation and Experimental Validation of Pattern Development in a Rotating Drum Mixer. Chemical Engineering & Technology. 2018, 41(8), 1524–1530. DOI: 10.1002/ceat.201700607.
- Kalyuzhnyy, Y. V. a Vlachy, V. Modeling the depletion effect caused by an addition of polymer to monoclonal antibody solutions. Journal of Physics: Condensed Matter. 2018, 30(48), 485101. DOI: 10.1088/1361-648X/aae914.
- Liegertová, M., Wróbel, D., Herma, R., Müllerová, M., Červenková Šťastná, L., Cuřínová, P., Strašák, T., Malý, M., Čermák, J., Smejkal, J., Štofik, M. a Malý, J. Evaluation of toxicological and teratogenic effects of carbosilane glucose glycodendrimers in zebrafish embryos and model rodent cell lines. Nanotoxicology. 2018, 12(8), 797–818. DOI: 10.1080/17435390.2018.1475582.
- Rouha, M., Nezbeda, I., Hrubý, J. a Moučka, F. Higher virial coefficients of water. Journal of Molecular Liquids. 2018, 270, 81–86. DOI: 10.1016/j.molliq.2017.11.105.
- Rychtera, J., Bílek, M., Bártová, I., Chroustová, K., Sloup, R., Šmídl, M., Machková, V., Štrofová, J., Kolář, K. a Kesnerová Řádková, O. Která jsou klíčová, kritická a dynamická místa počáteční výuky chemie v České republice?. Arnica. 2018, 8(1), 35–44. Plný text článku (PDF).
- Smith, W. R., Nezbeda, I., Kolafa, J. a Moučka, F. Recent progress in the molecular simulation of thermodynamic properties of aqueous electrolyte solutions. Fluid Phase Equilibria. 2018, 466, 19–30. DOI: 10.1016/j.fluid.2018.03.006.
- Šetinová, D., Šmídová, K., Pohl, P., Musić, I. a Bobek, J. RNase III-Binding-mRNAs Revealed Novel Complementary Transcripts in Streptomyces. Frontiers in Microbiology. 2018, 8, článek 2693 (svazek označený 2017; zveřejněno 15. 1. 2018). DOI: 10.3389/fmicb.2017.02693.
- Škvára, J., Škvor, J. a Nezbeda, I. Evaluation of the contact angle from molecular simulations. Molecular Simulation. 2018, 44(3), 190–199. DOI: 10.1080/08927022.2017.1359744.
- Škvára, J. a Nezbeda, I. Molecular dynamics study of racemic mixtures: Solutions of ibuprofen and β-cyclodextrin in methanol. Journal of Molecular Liquids. 2018, 265, 791–796. DOI: 10.1016/j.molliq.2018.07.020.
- Škvára, J., Moučka, F. a Nezbeda, I. Structure of supercooled water: Polarizable BK3 model versus non-polarizable models. Journal of Molecular Liquids. 2018, 261, 303–318. DOI: 10.1016/j.molliq.2018.03.117.
- Trávníčková, T., Škrabalová, L., Havlica, J., Krejčí, P., Hrubý, J. a Ždímal, V. Laboratory study of H2SO4/H2O nucleation using a new technique – a laminar co-flow tube. Tellus B: Chemical and Physical Meteorology. 2018, 70(1), 1–11. DOI: 10.1080/16000889.2018.1446643.
2017
- Bobek, J., Šmídová, K. a Čihák, M. A Waking Review: Old and Novel Insights into the Spore Germination in Streptomyces. Frontiers in Microbiology. 2017, 8, článek 2205. DOI: 10.3389/fmicb.2017.02205.
- Čihák, M., Kameník, Z., Šmídová, K., Bergman, N., Benada, O., Kofroňová, O., Petříčková, K. a Bobek, J. Secondary Metabolites Produced during the Germination of Streptomyces coelicolor. Frontiers in Microbiology. 2017, 8, článek 2495. DOI: 10.3389/fmicb.2017.02495.
- Kakosová, E., Hrabák, P., Černík, M., Novotný, V., Czinnerová, M., Trögl, J., Popelka, J., Kuráň, P., Zoubková, L. a Vrtoch, Ľ. Effect of various chemical oxidation agents on soil microbial communities. Chemical Engineering Journal. 2017, 314, 257–265. DOI: 10.1016/j.cej.2016.12.065.
- Kvasničková, E., Masák, J., Čejka, J., Maťátková, O. a Šícha, V. Preparation, characterization, and the selective antimicrobial activity of N-alkylammonium 8-diethyleneglycol cobalt bis-dicarbollide derivatives. Journal of Organometallic Chemistry. 2017, 827, 23–31. DOI: 10.1016/j.jorganchem.2016.10.037.
- Rouha, M. a Nezbeda, I. Second virial coefficients: a route to combining rules? Molecular Physics. 2017, 115(9–12), 1191–1199. DOI: 10.1080/00268976.2016.1263763.
- Smith, W. R., Jirsák, J., Nezbeda, I. a Qi, W. Molecular simulation of caloric properties of fluids modelled by force fields with intramolecular contributions: Application to heat capacities. The Journal of Chemical Physics. 2017, 147(3), článek 034508. DOI: 10.1063/1.4993572.
- Strašák, T., Malý, J., Wróbel, D., Malý, M., Herma, R., Čermák, J., Müllerová, M., Červenková Šťastná, L. a Cuřínová, P. Phosphonium carbosilane dendrimers for biomedical applications – synthesis, characterization and cytotoxicity evaluation. RSC Advances. 2017, 7, 18724–18744. DOI: 10.1039/C7RA01845B.
- Škvor, J., Škvára, J., Jirsák, J. a Nezbeda, I. A general method for determining molecular interfaces and layers. Journal of Molecular Graphics and Modelling. 2017, 76, 17–35. DOI: 10.1016/j.jmgm.2017.05.016.
- Trokhymchuk, A., Melnyk, R., Holovko, M. a Nezbeda, I. Role of the reference system in study of fluid criticality by effective LGW Hamiltonian approach. Journal of Molecular Liquids. 2017, 228, 194–200. DOI: 10.1016/j.molliq.2016.10.020.
2016
- Čapková, P., Matoušek, J., Rejnek, J., Bendlová, N., Pavlík, J., Kormunda, M., Pilařová, V. a Hocelíková, L. Effect of plasma treatment on structure and surface properties of montmorillonite. Applied Clay Science. 2016, 129, 15–19. DOI: 10.1016/j.clay.2016.04.016
- Ederer, J., Janoš, P., Ecorchard, P., Štengl, V., Bělčická, Z., Šťastný, M., Pop-Georgievski, O. a Dohnal, V. Quantitative determination of acidic groups in functionalized graphene by direct titration. Reactive and Functional Polymers. 2016, 103, 44–53. DOI: 10.1016/j.reactfunctpolym.2016.03.021
- Hromadová, M., Kolivoška, V., Sokolová, R., Kocábová, J., Loukou, C. a Mallet, J.-M. Formation and investigation of 6-cysteinyl amino methylated beta-cyclodextrin self-assembled monolayers. Monatshefte für Chemie. 2016, 147(1), 45–51. DOI: 10.1007/s00706-015-1609-2
- Mašková, L., Smolík, J., Trávníčková, T., Havlica, J., Ondráčková, L. a Ondráček, J. Contribution of Visitors to the Indoor PM in the National Library in Prague, Czech Republic. Aerosol and Air Quality Research. 2016, 16, 1713–1721. DOI: 10.4209/aaqr.2016.01.0044
- Melnyk, R., Nezbeda, I. a Trokhymchuk, A. Structure factor of a hard-core fluid with short-range Yukawa attraction: analytical FMSA theory against Monte Carlo simulations. Molecular Physics. 2016, 114(16–17), 2523–2529. DOI: 10.1080/00268976.2016.1177663
- Moučka, F. a Nezbeda, I. Thermodynamics of supersaturated steam: Molecular simulation results. The Journal of Chemical Physics. 2016, 145(24), 244501. DOI: 10.1063/1.4972411
- Nezbeda, I., Moučka, F. a Smith, W. R. Recent progress in molecular simulation of aqueous electrolytes: Force fields, chemical potentials and solubility. Molecular Physics. 2016, 114, 1665–1690. DOI: 10.1080/00268976.2016.1165296
- Nezbeda, I. Simulations of Vapor–Liquid Equilibria: Routine versus Thoroughness. Journal of Chemical & Engineering Data. 2016, 61, 3964–3969. DOI: 10.1021/acs.jced.6b00539
- Smith, W. R., Moučka, F. a Nezbeda, I. Osmotic pressure of aqueous electrolyte solutions via molecular simulations of chemical potentials: Application to NaCl. Fluid Phase Equilibria. 2016, 407, 76–83. DOI: 10.1016/j.fluid.2015.05.012
- Strašák, T., Malý, M., Müllerová, M., Čermák, J., Kormunda, M., Čapková, P., Matoušek, J., Červenková Šťastná, L., Rejnek, J., Holubová, J., Jandová, V. a Čépe, K. Synthesis and characterization of carbosilane dendrimer–sodium montmorillonite clay nanocomposites. Experimental and theoretical studies. RSC Advances. 2016, 6, 43356–43366. DOI: 10.1039/C6RA04442E
2015
- Barczi, T., Trávníčková, T., Havlica, J. a Kohout, M.. Effect of Bed Depth on Granular Flow and Homogenization in a Vertical Bladed Mixer via Discrete Element Method. Chemical Engineering & Technology. 2015, 38(7), 1195–1202. DOI: 10.1002/ceat.201400686.
- Chialvo, A. A., Moučka, F., Vlček, L. a Nezbeda, I.. Vapor–liquid equilibrium and polarization behavior of the GCP water model: Gaussian charge-on-spring versus dipole self-consistent field approaches to induced polarization. The Journal of Physical Chemistry B. 2015, 119(15), 5010–5019. DOI: 10.1021/acs.jpcb.5b00595.
- Dohnalová, L. a Dohnal, V.. Nanočástice a jejich toxicita. Chemické listy. 2015, 109(6), 444–450. Odkaz na článek.
- Hadač, O., Kohout, M., Havlica, J. a Schreiber, I.. Oscillations and patterns in a model of simultaneous CO and C₂H₂ oxidation and NOₓ reduction in a cross-flow reactor. Physical Chemistry Chemical Physics. 2015, 17(9), 6458–6469. DOI: 10.1039/C4CP05026F.
- Havlica, J., Jirounková, K., Trávníčková, T. a Kohout, M.. The effect of rotational speed on granular flow in a vertical bladed mixer. Powder Technology. 2015, 280, 180–190. DOI: 10.1016/j.powtec.2015.04.035.
- Jirsák, J. a Škvor, J.. A molecular-based approach to the thermodynamics of aqueous solutions: binary mixture of water and carbon dioxide. Journal of Physics: Condensed Matter. 2015, 27(19), 194114. DOI: 10.1088/0953-8984/27/19/194114.
- Jirsák, J., Moučka, F., Škvor, J. a Nezbeda, I.. Aqueous electrolyte surfaces in strong electric fields: molecular insight into nanoscale jets and bridges. Molecular Physics. 2015, 113(8), 848–853. DOI: 10.1080/00268976.2014.983199.
- Morávková, L., Troncoso, J., Škvorová, M., Havlica, J., Petrus, P. a Sedláková, Z.. Volumetric behavior of the ternary system (methyl tert-butyl ether + methylbenzene + butan-1-ol) and its binary sub-system (methyl tert-butyl ether + butan-1-ol) within the temperature range (298.15 to 328.15) K. The Journal of Chemical Thermodynamics. 2015, 90, 59–70. DOI: 10.1016/j.jct.2015.06.009.
- Moučka, F., Nezbeda, I. a Smith, W. R.. Chemical potentials, activity coefficients, and solubility in aqueous NaCl solutions: Prediction by polarizable force fields. Journal of Chemical Theory and Computation. 2015, 11(4), 1756–1764. DOI: 10.1021/acs.jctc.5b00018.
- Nezbeda, I., Jirsák, J., Moučka, F. a Smith, W. R.. Application of molecular simulations: Insight into liquid bridging and jetting phenomena. Condensed Matter Physics. 2015, 18(1), článek 13602. DOI: 10.5488/CMP.18.13602.
- Schraml, J., Korec, S., Krump, M. a Čermák, J.. Acetone-induced polymerization of 3-aminopropyltrimethoxysilane (APTMS) as revealed by NMR spectroscopy – revisited. Magnetic Resonance in Chemistry. 2015, 53(2), 154–159. DOI: 10.1002/mrc.4171.
- Strašák, T., Červenková Šťastná, L., Bílková, V., Skoupá, V., Karban, J., Cuřínová, P. a Čermák, J.. Synthesis and fluorophilicity of compounds with tris(3,3,4,4,5,5,6,6,7,7,8,8,8-tridecafluorooctyl)silyl substituent. Journal of Fluorine Chemistry. 2015, 178, 23–29. DOI: 10.1016/j.jfluchem.2015.06.017.
- Trokhymchuk, A., Melnyk, R. a Nezbeda, I.. Virial expansions and augmented van der Waals approach: Application to Lennard-Jones-like Yukawa fluid. Condensed Matter Physics. 2015, 18(1), článek 13501. DOI: 10.5488/CMP.18.13501.
- Vlček, L., Uhlík, F., Moučka, F., Nezbeda, I. a Chialvo, A. A.. Thermodynamics of Small Alkali Metal Halide Cluster Ions: Comparison of Classical Molecular Simulations with Experiment and Quantum Chemistry. The Journal of Physical Chemistry A. 2015, 119(3), 488–500. DOI: 10.1021/jp509401d.
2014
- Bobek, J., Straková, E., Ziková, A. a Vohrádský, J.. Changes in activity of metabolic and regulatory pathways during germination of S. coelicolor. BMC Genomics. 2014, 15, článek 1173. DOI: 10.1186/1471-2164-15-1173.
- Figueroa-Gerstenmaier, S., Lísal, M., Nezbeda, I., Smith, W. R. a Trejos, V. M.. Prediction of isoenthalps, Joule–Thomson coefficients and Joule–Thomson inversion curves of refrigerants by molecular simulation. Fluid Phase Equilibria. 2014, 375, 143–151. DOI: 10.1016/j.fluid.2014.05.011.
- Jirsák, J., Moučka, F. a Nezbeda, I.. Insight into Electrospinning via Molecular Simulations. Industrial & Engineering Chemistry Research. 2014, 53(19), 8257–8264. DOI: 10.1021/ie404268f.
- Jirsák, J., Škvor, J. a Nezbeda, I.. Toward a simple molecular theory of hydrophobic hydration. Journal of Molecular Liquids. 2014, 189, 13–19. DOI: 10.1016/j.molliq.2013.06.020.
- Lorecchio, C., Venanzi, M., Mazzuca, C., Lettieri, R., Palleschi, A., Nguyen Thi, T. H., Cardová, L., Drašar, P. a Monti, D.. Tuning the chiroptical and morphological properties of steroidal-porphyrin aggregates: a mechanistic, structural, and MM investigation. Organic & Biomolecular Chemistry. 2014, 12(23), 3956–3963. DOI: 10.1039/C4OB00134F.
- Smith, W. R., Figueroa-Gerstenmaier, S. a Škvorová, M.. Molecular Simulation for Thermodynamic Properties and Process Modeling of Refrigerants. Journal of Chemical & Engineering Data. 2014, 59(10), 3258–3271. DOI: 10.1021/je500260d.
- Strašák, T., Čermák, J., Červenková Šťastná, L., Sýkora, J. a Fajgar, R.. Cobalt(I) and cobalt(III) cyclopentadienyl complexes with new silicon-branched fluorous tags. Journal of Fluorine Chemistry. 2014, 159, 15–20. DOI: 10.1016/j.jfluchem.2013.12.010.
- Strašák, T., Jaroschik, F., Malý, M., Čermák, J., Sýkora, J., Fajgar, R., Karban, J. a Harakat, D.. Titanocene dichloride complexes bonded to carbosilane dendrimers via a spacer of variable length – Molecular dynamics calculations and catalysis of allylic coupling reactions. Inorganica Chimica Acta. 2014, 409, 137–146. DOI: 10.1016/j.ica.2013.07.020.
- Škvorová, M. a Smith, W. R.. Molecular-level simulation of bubble and dew points of fluid mixtures and application to refrigerant cycle design. International Journal of Refrigeration. 2014, 42, 1–7. DOI: 10.1016/j.ijrefrig.2014.02.007.
2013
- Houšková, H., Morávková, L., Sedláková, Z., Boublík, T. a Kolská, Z.. Volumetric behavior of the ternary system benzene–2-methoxy-2-methylbutane–2,2,4-trimethylpentane and all binary sub-systems at temperature range (298.15–318.15) K. Fluid Phase Equilibria. 2013, 337, 156–164. DOI: 10.1016/j.fluid.2012.09.007.
- Hromadová, M., Pospíšil, L., Sokolová, R., Bulíčková, J., Hof, M., Fischer-Durand, N. a Salmain, M.. Atrazine-Based Self-Assembled Monolayers and Their Interaction with Anti-Atrazine Antibody: Building of an Immunosensor. Langmuir. 2013, 29(52), 16084–16092. DOI: 10.1021/la404029j.
- Komlóová, M., Horová, A., Hrabinová, M., Jun, D., Doležal, M., Vinšová, J., Kuča, K. a Musílek, K.. Preparation, in vitro evaluation and molecular modelling of pyridinium–quinolinium/isoquinolinium non-symmetrical bisquaternary cholinesterase inhibitors. Bioorganic & Medicinal Chemistry Letters. 2013, 23(24), 6663–6666. DOI: 10.1016/j.bmcl.2013.10.043.
- Moučka, F., Nezbeda, I. a Smith, W. R.. Computationally efficient Monte Carlo simulations for polarisable models: multi-particle move method for water and aqueous electrolytes. Molecular Simulation. 2013, 39(14–15), 1125–1134. DOI: 10.1080/08927022.2013.804183.
- Moučka, F. a Nezbeda, I.. Gibbs ensemble simulation on polarizable models: Vapor–liquid equilibrium in Baranyai–Kiss models of water. Fluid Phase Equilibria. 2013, 360, 472–476. DOI: 10.1016/j.fluid.2013.10.015.
- Moučka, F., Nezbeda, I. a Smith, W. R.. Molecular Force Field Development for Aqueous Electrolytes: 1. Incorporating Appropriate Experimental Data and the Inadequacy of Simple Electrolyte Force Fields Based on Lennard-Jones and Point Charge Interactions with Lorentz–Berthelot Rules. Journal of Chemical Theory and Computation. 2013, 9(11), 5076–5085. DOI: 10.1021/ct4006008.
- Moučka, F., Nezbeda, I. a Smith, W. R.. Molecular force fields for aqueous electrolytes: SPC/E-compatible charged LJ sphere models and their limitations. The Journal of Chemical Physics. 2013, 138(15), článek 154102. DOI: 10.1063/1.4801322.
- Moučka, F., Nezbeda, I. a Smith, W. R.. Molecular simulation of aqueous electrolytes: Water chemical potential results and Gibbs–Duhem equation consistency tests. The Journal of Chemical Physics. 2013, 139(12), článek 124505. DOI: 10.1063/1.4821153.
- Nezbeda, I. a Rouha, M.. Extended excluded volume: Its origin and consequences. Pure and Applied Chemistry. 2013, 85(1), 201–210. DOI: 10.1351/PAC-CON-12-04-04.
2012
- Berend, S., Vrdoljak, A. L., Musílek, K., Kuča, K. a Radić, B. Effects of oxime K203 and oxidative stress in plasma of tabun-poisoned rats. Croatica Chemica Acta. 2012, 85(2), 193–199. DOI: 10.5562/cca1811
- Boublík, T. Structure of two-dimensional hard disk systems: Simple geometric method. Fluid Phase Equilibria. 2012, 316(1), 1–5. DOI: 10.1016/j.fluid.2011.12.002
- Krejčí, J. a Nezbeda, I. The critical temperature and properties of real gas from low order perturbed virial expansions. Fluid Phase Equilibria. 2012, 314(1), 156–160. DOI: 10.1016/j.fluid.2011.10.005
- Nezbeda, I. a Škvor, J. Excluded volume versus hydrogen bonding: complementary or incompatible concepts? Molecular Physics. 2012, 110(24), 2987–2992. DOI: 10.1080/00268976.2012.689875
- Nguyen, T., Cardová, L., Dvořáková, M., Ročková, D. a Drašar, P. Synthesis of cholic acid-based calixpyrroles and porphyrins. Steroids. 2012, 77(8–9), 858–863. DOI: 10.1016/j.steroids.2012.04.008
- Škvor, J. a Nezbeda, I. Percolation line, response functions, and Voronoi polyhedra analysis in supercritical water. Condensed Matter Physics. 2012, 15(2), článek 23301. DOI: 10.5488/CMP.15.23301
Ostatní publikační výstupy
2025
- Al Souki, K. S., Hamade, B., Rouhani, A., Błażałek, L., Newton, R. A., Kwoczynski, Z., Trögl, J. a Pidlisnyuk, V. Miscanthus × giganteus Implication in Soil Remediation and Quality Enhancement. In: Environmental Contaminants and Health: Integrated Management and Remediation. The Handbook of Environmental Chemistry, sv. 143. Springer Nature, 2025, s. 255–280. DOI: 10.1007/698_2025_1228.
- Šmídl, M. a Maňásková, Z. Formation of Metal Dendrites During Electrolysis: An Inquiry-Based Project for Secondary Schools. In: Koperová, D. a Rusek, M. (eds.). Project-Based Education and Other Student-Activating Strategies and Issues in STE(A)M Education XXII. Praha: Univerzita Karlova, 2025, s. 88–97.
2023
- Kozakovič, M., Skiba, M., Vondráček, F., Huchet, F. a Havlica, J. Matematické koncepty identifikace částic ve vznosu v rotačních pecích. In: Experimentální a výpočtové metody v inženýrství 2023 – sborník příspěvků. Ústí nad Labem: FSI UJEP, 2023. 7 s. ISBN 978-80-7561-411-7. Evidenční záznam.
- Vondráček, F., Kozakovič, M., Kramoliš, D. a Havlica, J. Modelování asférických granulárních materiálů. In: Experimentální a výpočtové metody v inženýrství 2023 – sborník příspěvků. Ústí nad Labem: FSI UJEP, 2023. 7 s. ISBN 978-80-7561-411-7.
2022
- Jančaříková, K., Brůnová, L., Hejnová, E., Hlaváčová, L., Jančařík, A., Králík, J., Krátká, M., Krejčí, J., Kroufek, R., Matějček, T., Medová, J., Pelikánová, M., Svobodová, S., Šmídl, M., Trahorsch, P. a Vojíř, K. Didaktické zásady v přírodovědném vzdělávání: metodická příručka pro učitele biologie, chemie, fyziky, geografie, informatiky, matematiky a lektory environmentální výchovy. Praha: Univerzita Karlova, Pedagogická fakulta, 2022. 157 s. ISBN 978-80-7603-289-7.
- Kozakovič, M., Havlica, J. a Huchet, F. Matematické modelování transportu tepla a hmoty v rotační peci. In: Sborník abstraktů – Experimentální a výpočtové metody v inženýrství 2022. Ústí nad Labem: Fakulta strojního inženýrství UJEP, 2022, s. 67–72. ISBN 978-80-7561-355-4.
- Kozakovič, M., Čada, J., Kokavcová, A., Havlica, J. a Huchet, F. Mathematical Modeling of Heat and Mass Transfer in a Rotary Kiln. In: Proceedings of the 9th International Conference on Chemical Technology. Praha: Czech Society of Industrial Chemistry, 2022, s. 241–246. ISBN 978-80-88307-11-2.
- Majerová, V., Smejkal, J., Novotná Floriančičová, K., Vinopal, S. a Czerneková, M. Development of a novel desiccation chamber for induction of tardigrade anhydrobiosis. Kostelec nad Černými lesy: Česká zemědělská univerzita v Praze, Fakulta životního prostředí, 28.–29. 11. 2022. Konferenční prezentace.
- Majerová, V., Smejkal, J., Novotná Floriančičová, K., Vinopal, S. a Czerneková, M. Development of a novel desiccation chamber for induction of tardigrade anhydrobiosis. In: 15th International Symposium on Tardigrada. Kraków, 22.–26. 8. 2022. Konferenční poster.
- Novotná Floriančičová, K., Baltzis, A., Smejkal, J., Czerneková, M., Notredame, C. a Vinopal, S. Characterization of tardigrade tubulins. In: 27th Cytoskeletal Club. Vranovská Ves, 14.–16. 9. 2022. Konferenční příspěvek.
- Novotná Floriančičová, K., Baltzis, A., Smejkal, J., Czerneková, M., Notredame, C. a Vinopal, S. Characterization of tardigrade tubulins. In: 15th International Symposium on Tardigrada. Kraków, 22.–26. 8. 2022. Konferenční příspěvek.
- Novotná Floriančičová, K., Baltzis, A., Smejkal, J., Czerneková, M., Notredame, C. a Vinopal, S. Characterization of tardigrade tubulins. Kostelec nad Černými lesy: Česká zemědělská univerzita v Praze, Fakulta životního prostředí, 28.–29. 11. 2022. Konferenční prezentace.
2021
- Novotná Floriančičová, K., Baltzis, A., Czerneková, M., Smejkal, J., Notredame, C. a Vinopal, S. Phylogenetic analysis of tardigrade tubulins. In: Cytoskeletal Brew. Vranovská Ves, 12.–13. 11. 2021. Konferenční příspěvek.
- Novotná Floriančičová, K., Baltzis, A., Czerneková, M., Smejkal, J., Notredame, C. a Vinopal, S. Phylogenetic analysis of tardigrade tubulins. In: Kostelecké inspirování 2021: Sborník abstraktů 13. ročníku konference. Kostelec nad Černými lesy, 18.–19. 11. 2021, s. 49. ISBN 978-80-213-3145-7.
2020
- Rychtera, J., Bílek, M., Bártová, I., Chroustová, K., Kolář, K., Machková, V., Sloup, R., Šmídl, M., Štrofová, J., Votrubcová, Š. a Wolfová, R. Kritická místa kurikula chemie na 2. stupni základní školy I. Plzeň: Západočeská univerzita v Plzni, 2020. 158 s. ISBN 978-80-261-0925-9. Záznam v evidenci výsledků.
2019
- Bílek, M., Chroustová, K., Rychtera, J., Machková, V., Kolář, K., Štrofová, J., Sloup, R., Šmídl, M. a Bártová, I. Teachers’ View on the Lower Secondary Chemistry Curriculum in the Czech Republic. In: Science and Technology Education: Developing a Global Perspective. Šiauliai: Scientia Socialis Press, 2019, s. 29–34. ISBN 978-609-95513-8-8. Záznam ve sborníku.
- Kozakovič, M., Kramoliš, D., Trávníčková, T., Stanovský, P., Kohout, M. a Havlica, J. Granular Vertical Bladed Mixer: Flow Patterns and Homogenization. In: Book of Abstracts. Florencie: Italian Association of Chemical Engineering, 2019. 2 s. ISBN 978-88-95608-75-4.
- Kozakovič, M., Kramoliš, D., Trávníčková, T., Kohout, M. a Havlica, J. Vliv koeficientu tření na proces homogenizace granulárního materiálu v cylindrickém mixeru se dvěma zkosenými lopatkami. In: Sborník příspěvků EVM 2019. Ústí nad Labem: Fakulta strojního inženýrství UJEP, 2019. 10 s. ISBN 978-80-7561-185-7.
- Šmídl, M., Dupalová, A. a Jankuj, M. Přírodopis s nadhledem 9 – Nová generace (pracovní sešit pro základní školy a víceletá gymnázia). Plzeň: Fraus, 2019. 64 s. ISBN 978-80-7489-483-1.
- Trávníčková, T., Havlica, J., Hrubý, J. a Ždímal, V. Modelování binární nukleace v laminární souproudé difúzní komoře. In: Book of Abstracts. Praha: Česká společnost chemického inženýrství, 2019. 2 s.
- Trávníčková, T., Havlica, J., Hrubý, J. a Ždímal, V. Modelling of Binary Nucleation in Laminar Co-Flow Tube. In: Book of Abstracts. Florencie: Italian Association of Chemical Engineering, 2019. 2 s.
- Trávníčková, T., Havlica, J., Hrubý, J. a Ždímal, V. Modelling of Binary Nucleation in Laminar Co-Flow Tube. In: Sborník XX. výroční konference České aerosolové společnosti. Praha: Česká aerosolová společnost, 2019, s. 72–73. ISBN 978-80-270-6416-8.
2018
- Kozakovič, M., Paříková, A., Trávníčková, T., Kohout, M. a Havlica, J. The Effect of Collision Parameters and Particle Diameter on Dynamics and Mixing Process of Granular Material by Using Discrete Element Method. In: Proceedings of CHISA 2018 – 23rd International Congress of Chemical and Process Engineering. Praha: Czech Society of Chemical Engineering, 2018, s. 72–73. ISBN 978-1-5108-8119-8.
- Škoda, J., Doulík, P. a Šmídl, M. Chemie 9 – Nová generace (příručka učitele). Plzeň: Fraus, 2018. 192 s. ISBN 978-80-7489-402-2.
- Škoda, J., Doulík, P. a Šmídl, M. Chemie 8 – Nová generace (příručka učitele). Plzeň: Fraus, 2018. 216 s. ISBN 978-80-7489-398-8.
- Šmídl, M. a Pelikánová, I. Chemie 9 – Nová generace (pracovní sešit). Plzeň: Fraus, 2018. 68 s. ISBN 978-80-7489-401-5.
- Šmídl, M. a Pelikánová, I. Chemie 8 – Nová generace (pracovní sešit). Plzeň: Fraus, 2018. 68 s. ISBN 978-80-7489-397-1.
- Trávníčková, T., Havlica, J., Hrubý, J. a Ždímal, V. Nucleation of H2SO4–H2O in Laminar Co-Flow Tube: CFD Simulations and Analytical Modelling. In: Proceedings of CHISA 2018 – 23rd International Congress of Chemical and Process Engineering. Praha: Czech Society of Chemical Engineering, 2018, s. 59–60. ISBN 978-1-5108-8119-8.
2017
- Kuráň, P., Pilnaj, D., Ciencialová, L. a Pšenička, M. Preparation of magnetic sorbent with surface modified by C18 for removal of selected organic pollutants from aqueous samples. IOP Conference Series: Earth and Environmental Science. 2017, 95(4), 042065. Konferenční sborník. DOI: 10.1088/1755-1315/95/4/042065.
- Havlica, J., Jirounková, K., Petrus, P., Trávníčková, T. a Kohout, M. The Effect of Rotational Speed on Granular Dynamics and Homogenization in a Vertical Bladed Mixer. In: Proceedings of the 7th International Conference on Discrete Element Methods. Springer, 2017, s. 1123–1131. DOI: 10.1007/978-981-10-1926-5_117.
- Nezbeda, I., Jirsák, J. a Moučka, F. Molecular modeling and simulations. In: Electrospun Nanofibers. Woodhead Publishing / Elsevier, 2017, s. 255–275. DOI: 10.1016/B978-0-08-100907-9.00011-8.
- Škrabalová, L., Trávníčková, T., Havlica, J., Krejčí, P., Hrubý, J. a Ždímal, V. Novel Approach in Binary Nucleation Experiments Performed Under Laboratory Conditions. In: Proceedings of the 20th International Conference on Nucleation and Atmospheric Aerosols. Helsinki: Kirjapaino Hermes Oy, 2017, s. 187–188. ISBN 978-952-7091-85-2.
2016
- Ciencialová, L., Kozakovič, M., Jirounková, K., Kohout, M. a Havlica, J. The Effect of Dynamics on the Homogenization via Discrete Element Method (DEM). In: Sborník abstraktů a plných textů. Praha: Česká společnost průmyslové chemie, 2016. 1 s.
- Čermák, J., Červenková Šťastná, L. a Strašák, T. Cyclopentadienes and Cyclopentadienyl Complexes with Per- and Polyfluoroalkyl Substituents. In: Advances in Chemistry Research. New York: Nova Science Publishers, 2016, s. 87–122.
- Jirsák, J., Moučka, F. a Nezbeda, I. Molecular simulation of electrospinning. In: NANOCON 2015: 7th International Conference on Nanomaterials – Research & Application. Ostrava: TANGER, 2016, s. 585–590.
- Kozakovič, M., Ciencialová, L., Jirounková, K., Kohout, M. a Havlica, J. The Effect of Coefficient of Friction on Granular Mixing by Using Discrete Element Method (DEM). In: Sborník abstraktů a plných textů. Praha: Česká společnost průmyslové chemie, 2016. 1 s.
2014
- Šmídl, M. Analýza prekonceptů strukturních vzorců sacharidů u žáků středních škol. In: Chemické listy – sborník konferenčních abstraktů. 2014, 108, s. 802. Posterový abstrakt 5P-04. Plný text abstraktu (PDF).
2012
- Šafránková, R. Experimentální zájmová činnost – motivace v chemickém vzdělávání. In: Metodologické otázky výzkumu v didaktice chemie. Brno: Masarykova univerzita, 2012. Konferenční příspěvek.
- Šafránková, R. Rozvíjení zájmů a nadání dítěte v chemické zájmové činnosti. Praha: Univerzita Karlova, Pedagogická fakulta, 2012.
- Šmídl, M. Analýza obtížnosti tematického celku sacharidy a jejich metabolismus v učebnicích chemie pro gymnázia. In: Metodologické otázky výzkumu v didaktice chemie. Brno: Masarykova univerzita, Pedagogická fakulta, 2012, s. 155–162.
Patenty, užitné vzory a aplikované výsledky
2025
- Kaule, P., Greguš, V., Šícha, V. a Čapková, P. Ručně ovládaný analogový směšovač plynů s isotermální průtočnou celou. Ústí nad Labem: Přírodovědecká fakulta UJEP, prosinec 2025. Funkční vzorek. Dokumentace funkčního vzorku (PDF).
2024
- Hoskovec, J., Čapková, P., Gardenö, D., Friess, K., Šícha, V., Kaule, P., Greguš, V., Ryšánek, P., Škvorová, M. a Dušková, T. Samonosná tvarově flexibilní nanovlákenná membrána a způsob její výroby. Český patent CZ 310285 B6. Přihláška PV 2023-487; uděleno 12. 12. 2024, zveřejněno 22. 1. 2025. Patentový spis (PDF).
2023
- Hořeňovský, R., Trögl, J., Nguyen Thi, T. H., Kadlečková, I., Kříženecká, S., Kajánková, K. a Veronesi Dáňová, P. Směsný vzorek separovaných aminokyselin. Univerzita J. E. Purkyně v Ústí nad Labem, 2023. Funkční vzorek.
- Trögl, J., Nguyen Thi, T. H., Kadlečková, I., Martinovský, L., Vrtoch, Ľ., Kaule, P., Škvorová, M., Hájek, M. a Burdová, H. Ethylestery odpadního tuku použitelné jako biopalivo. Univerzita J. E. Purkyně v Ústí nad Labem, 2023. Funkční vzorek.
- Trögl, J., Kadlečková, I., Nguyen Thi, T. H., Kajánková, K., Veronesi Dáňová, P., Hájek, M., Burdová, H. a Hořeňovský, R. Ověřená technologie separace gastroodpadu. Univerzita J. E. Purkyně v Ústí nad Labem, 2023. Ověřená technologie.
- Trögl, J., Kadlečková, I., Nguyen Thi, T. H., Kajánková, K., Kaule, P., Hájek, M., Burdová, H., Martinovský, L., Vrtoch, Ľ., Škvorová, M. a Hořeňovský, R. Ověřená technologie přípravy biopaliva z gastroodpadu. Univerzita J. E. Purkyně v Ústí nad Labem, 2023. Ověřená technologie. Evidenční záznam RIV.
2022
- Panuška, P., Smejkal, J., Štofik, M., Havlica, J., Harrandt, V., Vinopal, S., Aubrecht, P., Malý, J., Žmudová, Z. a Španbauerová, K. Kapičkový mikrofluidní systém pro vytvoření a kultivaci 3D buněčných shluků. Ústí nad Labem: Přírodovědecká fakulta UJEP, 2022. Funkční vzorek.
2019
- Štofik, M., Havlica, J. a Malý, J. Mikrofluidní zařízení pro filtraci buněk s možností optické kontroly průběhu filtrace. Ústí nad Labem: Přírodovědecká fakulta UJEP, 2019. Funkční vzorek (Gfunk).
2016
- Dohnal, V. Poskytnutí znalostí firmě Inpeko spol. s r. o. v rámci Inovačního voucheru ÚK. Ústí nad Labem: Inpeko, spol. s r. o., 2016. Aplikovaný výstup (předání znalostí).

